Der Lehrstuhl für Bodenkunde ist aus der Teilung des ehemaligen Agrikulturchemischen Institutes hervorgegangen, von dem zuerst das Institut für Tierernährung (Prof. Dr. M. Kirchgeßner) ausgegliedert wurde. Nach Emeritierung von Prof. Dr. Hofmann wurden 1966 die Institute für Pflanzenernährung (Prof. Dr. A. Amberger) und für Bodenkunde gegründet. Die jeweiligen Leiter (3) sind gleichzeitig die Direktoren der Bayerischen Hauptversuchsanstalt für Landwirtschaft (HVA) in Freising-Weihenstephan. Der stark angewachsene Kenntnisstand auf dem agrikulturchemischen Gebiet machte die getrennte Vertretung der Fächer in Forschung und Lehre durch spezialisierte Wissenschaftler notwendig. Im September 1970 übernahm Prof. Dr. U. Schwertmann den Lehrstuhl für Bodenkunde (Leiter bis September 1995). Im Februar 1976 erhielt der Lehrstuhl einen Neubau.

Im Vordergrund standen Untersuchungen der Tonmineralumwandlung und -neubildung unter besonderer Berücksichtigung des Zwischenschicht- Kaliums und Untersuchungen an synthetischen und Boden-Eisenoxiden. Seit Januar 1971 wurden auch Probleme des Bodenwasserhaushaltes und des Bodengefüges untersucht. Erste Untersuchungen zu Fragen der rezenten Bodenerosion durch Wasser wurden 1972 begonnen. Neben den Schwerpunkten Eisenoxid- und Tonmineralogie und Bodenerosion wurden auch der Phosphathaushaltes von Böden und Landschaftsausschnitten, die Bodenversauerung, und die Eigenschaften des Rhizosphäre und die Dynamik von Unterwasserböden untersucht.

Die wissenschaftlichen Leistungen des Lehrstuhls auf den Gebieten der Eisenoxid- und Bodenerosionsforschung führten u.a zur Berufung von U. Schwertmann in mehrere Gutachter- und Beratungsgremien. Prof. Schwertmann ist außerdem Mitglied der Deutsche Akademie für Naturwissenschaftler Leopoldina, Fellow der American Society of Agronomy, Ehrendoktor der Universität Kiel, Distinguished Member und Träger des Preises Pioneer in Clay Science der Clay Mineral Society (US) und Ehrenmitglied der DBG. Dem Lehrstuhl wurde ein Staatspreis des Freistaates für die vorbildliche Planung eines Flurbereinigungsgebietes verliehen.

Zu den wissenschaftlichen Mitarbeiter gehören außer Agrarwissenschaftlern auch Chemiker, Physiker, Geophysiker, Mineralogen, Biologen und Geoökologen. Seit Oktober 1995 wird der Lehrstuhl von Prof. Dr. I. Kögel-Knabner geleitet.